ნოიერს გერმანიის ნაკრებში დებიუტი 2009 წელს, საამიროების წინააღმდეგ ამხანაგურ მატჩში ჰქონდა. მას შემდეგ, ეროვნულ გუნდში 90 მატჩი დაუგროვდა. ბუნდესნაკრების შემადგენლობაში მანუელი 2014 წელს მსოფლიოს ჩემპიონი გახდა.

როგორც ვარაუდობენ, ნოიერის წასვლის შემდეგ, იოახიმ ლიოვის გუნდის ძირითადი მეკარე მარკ-ანდრე ტერ შტეგენი გახდება, რომელმაც არა ერთხელ დაიჩივლა, რომ ნოიერის დუბლიორად უწევს ყოფნა.

ევრო 2020-ის საკვალიფიკაციოს ხუთი ტურის შემდეგ, გერმანია C ჯგუფში პირველ ადგილს იყოფს ჩრდილოეთ ირლანდიასთან.