განსაკუთრებული იყო ილია მეორის წვლილი სასულიერო სემინარიების გახსნის მხრივ. პატრიარქად არჩევიდან მალევე სწორედ მისი ძალისხმევით ქვეყანაში ათეულობით საღვთისმეტყველო სასწავლებელი ამოქმედდა. მათ შორისაა დიდი ტრადიციების და ისტორიის მქონე გორის სკოლა-გიმნაზია, რომელიც საბჭოთა დევნის დროს გაუქმდა და წლების შემდეგ კათოლიკოს-პატრიარქის ინიციატივით აღდგა – სკოლა მოსწავლეებს 1-დან მე-12 კლასის ჩათვლით იღებს და სასკოლო პროგრამასთან ერთად გაძლიერებულად ისწავლება რელიგიური საკითხები. „მოამბის“ გადამღები ჯგუფი მე-17 საუკუნემდე მოქმედ და სამი საუკუნის შემდეგ ილია მეორის ძალისხმევით განახლებულ გელათის აკადემია-სემინარიასაც ესტუმრა. სასწავლებლის პედაგოგები უწმინდესის განსაკუთრებულ მზრუნველობას და მის არაერთ საინტერესო წამოწყებასა თუ ინიციატივას იხსენებენ, რაც შემდეგ ტრადიციად დამკვიდრდა. ამბობენ, რომ პატრიარქი სასწავლო პროცესთან დაკავშირებულ ყველა საკითხს პირადად და გულდასმით ეცნობოდა.