პატრიარქის მემკვიდრეობა – სასულიერო სასწავლებლები
განსაკუთრებული იყო ილია მეორეს წვლილი სასულიერო განათლების ხელშეწყობისა და განვითარების პროცესში.
პატრიარქობის პირველ წლებში, როცა საბჭოთა რეპრესიების გამო საუკუნოვანი ისტორიის და დიდი ტრადიციების მქონე არაერთი საგანმანათლებლო კერა დახურული იყო, უწმინდესმა და უნეტარესმა ერთ-ერთ მთავარ მიზნად სწორედ მათი აღდგენა დაისახა. სწორედ პატრიარქის ძალისხმევით მოხერხდა არაერთ ისტორიულ სასულიერო სასწავლებელში სასწავლო პროცესის აღდგენა. საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის წინამძღოლის დამსახურებაა ახალი საგანმანათლებლო დაწესებულებების დაარსებაც. მათ შორისაა 22 წლის წინ დაფუძნებული წმინდა ნიკოლოზის სკოლა, რომელიც ფოთში მდებარეობს. სკოლაში ჩვეულებრივ სასკოლო საგნებთან ერთად სწავლობენ რელიგიის საკითხებს და გალობას. ილია მეორის სახელთანაა დაკავშირებული ფოთში კიდევ ერთი საგანმანათლებლო კერის დაარსებაც. სასწავლებელი, რომელსაც დღეს ახალი საქართველოს უნივერსიტეტი ეწოდება,1997 წელს პატრიარქის ლოცვა-კურთხევით დაფუძნდა.