ერისკაცობაში მისი სახელი ირაკლი შიოლაშვილი იყო. სახელი ილია 24 წლის ასაკში, სასულიერო აკადემიაში მე-2 კურსზე სწავლის დროს მიიღო, როცა მაშინდელი პატრიარქის ლოცვა-კურთხევით წმინდა ალექსანდრე ნეველის სახელობის ტაძარში ბერად აღკვეცეს.
1977 წელს საქართველოს ეკლესიის ისტორიაში ახალი ეპოქა დაიწყო – პატრიარქ დავით მე-5-ის გარდაცვალების შემდეგ სიონის ტაძარში მე-12 საეკლესიო კრებამ კათოლიკოს-პატრიარქად ილია მეორე აირჩია. 25 დეკემბერს სვეტიცხოვლის ტაძარი, სადაც ერთხმად არჩეული პატრიარქის ინტრონიზაცია გაიმართა, ქვეყნის სხვადასხვა კუთხიდან ჩამოსული ხალხით იყო სავსე. პატრიარქობის პირველი პერიოდი განსაკუთრებით მძიმე აღმოჩნდა, რადგან საბჭოთა რეპრესიების შედეგად ეკლესია-მონასტრების, ეპარქიების და მრევლის რაოდენობა შემცირებული იყო. ფასდაუდებელია პატრიარქის წვლილი ახალი ტაძრების მშენებლობის და ძველი ეკლესიების აღდგენის, მოსახლეობაში რწმენის განმტკიცების, მრევლის რაოდენობის ზრდის და საერთაშორისო საეკლესიო კავშირების გაძლიერებაში. სწორედ მისი ძალისხმევით მოხერხდა 1990 წელს მსოფლიო საპატრიარქოს მიერ საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენა. საქართველოს მართლმადიდებელ სამოციქულო ეკლესიას ილია მეორე ქვეყნის საეკლესიო ისტორიაში ყველაზე დიდხანს, 49 წლის განმავლობაში მეთაურობდა – მისი ყველა სიტყვა, მოქმედება, ნაბიჯი, რჩევა, მოწოდება და გზავნილი სიბრძნით, ღვთისა და მოყვასისადმი უდიდესი სიყვარულით, გონიერებით და ხალხზე ზრუნვით იყო სავსე. ყველა განზომილებით უწმინდესის და უნეტარესის მოღვაწეობა ეპოქალურად ფასდება. შესაბამისად, ქვეყნისთვის და საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიისთვის 2016 წლის 17 მარტს ეპოქა დასრულდა.