ილია II-ის ეპოქა - პატრიარქის ღვაწლი სასულიერო განათლების აღორძინებაში
შეუფასებელია პატრიარქის ღვაწლი სასულიერო განათლების აღორძინებაში. მიუხედავად იმისა, რომ მართლმადიდებელი ეკლესიის წიაღში საუკუნეთა განმავლობაში არაერთი საგანმანათლებლო კერა არსებობდა, მათი ფუნქციონირების ისტორია ავტოკეფალიის ხელყოფისა და შემდეგ აღდგენის ისტორიასთან ერთად იწერებოდა. ილია მეორის სახელს უკავშირდება თბილისის სასულიერო აკადემიის დაარსება. აკადემიის გახსნის შემდეგ, მცხეთის სასულიერო სემინარიაც თბილისში გადმოვიდა და გაფართოვდა. პატრიარქის ლოცვა-კურთხევით დაარსდა ქუთაისის სასულიერო სემინარია და აღდგა გელათის აკადემია. კათალიკოსის სახელს უკავშირდება წმინდა ანდრია პირველწოდებულის სახელობის ქართული უნივერსიტეტის დაარსებაც.
მისი უწმინდესობის მოღვაწეობის პერიოდში საქართველოს თითქმის ყველა კუთხეში გაიხსნა სასულიერო სასწავლებლები. მომავალ თაობებზე ზრუნვით, აღსაყდრების დღიდან პატრიარქი უდიდეს ყურადღებას უთმობდა საგანმანათლებლო კერების შექმნას. უკვე 26 წელია, პატრიარქის სახელს უკავშირდება ალავერდის ეპარქიასთან არსებული ზოგადსაგანმანათლებლო სკოლის აკადემიური მიღწევები, რომელსაც 400-მდე კურსდამთავრებული და 80 მოსწავლე ჰყავს.